Время хода задвижки нужно для построения математической модели. Например, у Вас полное время хода задвижки 60 секунд, тогда чтобы открыть клапан на половину, ПИДу нужно сформировать сигнал на открытие длиной 30 сек. Далее, он смотрит на реакцию системы и формирует импульсы на открытие или закрытие нужной длины. Опять же минусы мат. модели задвижки в том, что это слепое управление. Не факт, что Вы начали работать с полностью закрытого клапана, т.е. появляется статическая ошибка регулирования. Но все же настроить ПИД можно.
Обычно, для подбора коэффициентов в ручную нужно привести систему в автоколебательный режим, замерить период колебания и вычислить интегральную и дифференциальную составляющую. На форуме не раз писали о различных методах подбора коэффициентов.