В СПК линукс сильно порезан и установить готовые библиотеки с нужным функционалом не представляется возможным, но выход есть и он следующий:
берем C, пишем программу, которая получает CPUID из процессора на архитектуре ARM9 (литературы в инете полно).
Компилируем под Linux на соотв. архитектуре и вызываем из Codesys'a.
Муторно? Да. Но если уж задались целью защитить программу, то оно того стоит.