Если нужно программу залить для отладки, то можно загрузочный проект не делать, где-то тут на форуме видел, что там ограниченное количество перезаписей. Чтобы перезаписать корректно нужно выбрать Project -> Clean all, потом Project -> Rebuild all. После этого как обычно Online -> Login и т.д.