Для переноса проекта из 2.3 воспользуйтесь в версии 3,5 меню Файл-Открыть проект. Далее нужно выбрать проект, созданный в версии 2,3.
Часть справки по этому меню из CODESYS
Open Project.pdf

Ниже видео пример, как можно экспортировать проект.
Для того, чтобы это работало более менее нормально рекомендую использовать версии CODESYS2.3 наиболее актуальные.
Это 2.3.9.40 или 2.3.9.41.