Але-ндр 1. Ой ой! Ты путаешь ПРку и микроконтроллеры. Тут НЕ надо считать такты и время цикла.
Потому что время цикла ПРки зависит от нагруженности её программы.

2. Внутри FUN/FB ST-код выполняется по строкам так, как написан.

3. Зря ты морочишься. Можно же часть программы писать на ST, а часть на FBD.

4. Про "Vaur OUT := Var IN корректно работает в первых трех строках" - показал бы весь код FBшки-то? Интересно, что же там такого ты накрутил!