Добрый день,
Столкнулся с такой же проблемой. При отключении питания не сохраняет Retain переменные. В логах пишет аналогичное предупреждение что и у ТС.
"Retain data in config changed or retain area got corrupted. Config=0xfe00, Physical=0x0"

Версия прошивки 1.2.0803.1220
Версия таргет файла 3.5.14.30
Версия Codesys: 3.5 sp11 patch5 hotfix4

Сделал перепрошивку на туже версию, что и была на ПЛК. Не помогло.

Конфигурация проекта:
Retain переменные вынес в отдельный список глобальных переменных: GVL_Retain

PHP код:
{attribute 'qualified_only'}
VAR_GLOBAL RETAIN
    _01PB_Start 
UDT_PB//кнопка старт - стоп модуля проветривания

    
_01PB_Start_Poliv UDT_PB//кнопка старт - стоп модуля полива

    
    
_01SP001REAL//Уставка Открытия форточек
    
_01SP002REAL//Уставка Закрытия форточек

    
_01SP003REAL//Уставка Страт Полива
    
_01SP004REAL//Уставка Стоп Полива
    
_01SP005REAL//Уставка минимальной темп. воды для полива
    
_01SP006DINT//Уставка таймера полива
    
    
_01AcSen406BOOL// Работать по датчику 406
    
_01AcSen407BOOL// Работать по датчику 407
    
    
END_VAR 
Что можно ещё попробовать?