Здравствуйте. А можно как нибудь посмотреть вашу программу. На моем опыте в ПЛК загружались программы очень большого объема и таких проблем не происходило.

Для начала я очень рекомендую проверить актуальность ПО.
1) Скачайте диск DVD по этой ссылке: http://kipshop.ru/CD/Navigator_PLC_DVD_v1.zip
2) В разделе соответствующего ПЛК найдите соответствующий раздел
3) Переустановите библиотеки (Автоматический инсталлятор)
4) Переустановите Target-файлы (Автоматический инсталлятор)
5) Прошейте контроллер прошивкой 2,14,0

После этих манипуляций перезагрузите ПК и ПЛК.

Если с проектом проблемы не исчезнут, то скорее всего что-то в вашей программе. Я подобные проблемы наблюдал, когда не верно реализована конфигурация ПЛК.
Вышлите мне его на почту A.PRIKHODKO@OWEN.RU, проверим на железе, посмотрим конфигурацию.

P.S. какая операционка установлена? Пробовали по другим интерфейсам программу загружать? Делать полную перекомпиляцию (Меню проект, очистить все, компилировать все)?