Можете перепрошить контроллер. Прошивки на ПЛК3хх по ссылке.
У меня, в принципе, используется всего два пид регулятора, т.к. блоки идентичны, не может из-за них такой косяк быть. Так у Вас нормально запускается программа? Что-то игнорируете интересующие меня вопросы