в программе используются ПИД-регуляторы? если да, то сколько. Есть ли циклы? В каком состоянии индикаторы состояния входов - выходов? Старт и ресет не решают проблему?
Попробуйте загрузить примитивную программу по управлению парой релюшек, и запустите. В случае зависания , попробуйте добавить модуль Button в программе