у PEC16 ноги А и В фазы, нога С общий. фактически в корпусе два микрика. т.е. нет напряжения питания. почти как две кнопки в одном корпусе.
щелчки будут идти по обоим входам, в какую бы сторону не крутили. направление определяют по фронтам импульсов. т.е. если на первом фронт, а на втором уже есть сигнал, значит в одну сторону, и наоборот если в другую.
В инструкции на ваш контроллер есть описание стандартного подключения энкодера, но если специальных входов не хватит, можно и через обычные входа, самодельным способом.
под кодесис у меня нет такого примера.задачка совсем не сложная, глянте темы на этом форуме про энкодер, проблемы в этих темах вас не коснутся, у вас не те скорости и нет требований к точности счёта.