Вопросики отображаются в функциональных блоках, если не выбран экземпляр. Так и должно быть.
Если удалить объявление переменной в CoDeSys, то сразу выдается сообщение: 'Ошибка 4001: Идентификатор … не определен.' Если этого нет, то аналогичные переменные где-то объявлены (как предполагает Олег) либо поврежден файл проекта. Стоит дать команды 'Проект' –'Очистить все' – 'Компилировать все'. Либо в глобальных переменных (см. свойства списка) включен экспорт объявлений из файла (описания переменных подгружаются из созданного ранее файла) .