Это две разные проблемы.
Если вы связались с контроллером и ссоздали загрузочный проект, то на ПЛК появляются два файла. Проверьте есть ли у Вас на ПЛК файл Default.prg с помощью Браузера ПЛК.

Почему пропадают данные по обмену - надо смотреть Ваши настройки.
Шлите проект на support@owen.ru