Какой сигнал на выходе с энкодера?
Нужно +24в на вход подавать.
Я подключал энкодеры всякие(в т.ч и Омрон) и точно могу сказать, что ПЛК с энкодером работает.
Не забывайте, что модуль счетчика подсчитывает импульсы за цикл ПЛК.