Такое вполне может быть.
Я активно слежу за новинками Codesys. и Пока сам не проверю, новые версии на сайт не выкладываю.
Кстати build 26 тоже косячный был. Лучше с сайта качайте 2.3.9.30
С ним у меня проблем пока не возникало.
http://www.owen.ru/catalog/55710393
Заодно ее проверите на вашем проекте.
Будем ждать обратную связь.