Нужен совет в ST.

[Николаев Андрей]

провильнее будет
if A > B then
C1 := 1;
C2 := 0;
elsif A < B then
C1 := 0;
C2 := 1;
end_if;

можно даже так:
if A > B then
C1 := 1;
C2 := 0;
else
C1 := 0;
C2 := 1;
end_if;

[Евстигнеев Максим]

можно даже так:
if A > B then
C1 := 1;
C2 := 0;
else
C1 := 0;
C2 := 1;
end_if;

Нельзя. Так как "else" сработает при A==B, что нарушает условие задачи.