1. Замените значения на команды. У команды должно быть выключено значение до опроса и восстановление при рестарте. На эти команды точно также через действия записывайте значения.
2. Вам нужно изменить код скрипта. Как мы понимаем, вам нужно чтобы код выполнялся по переднему фронту входа bIn1. Исправьте код на:
int iTemp_1 = 0;
bool? M=false;
public override void Execute()
{
if (bIn1==true && M==false)
{
//int iTemp_1 = 0;
//iNum = 2;
//bAlarm = true;
iTemp_1 = iTemp_1 + 1;
iCount = iTemp_1;
//bRun = false;

/*if (bAlarm == true) {iNum = 2;}
else {if (bRun == true) {iNum = 1;} else {iNum = 0;};
};*/
//bNotAlarm = !bAlarm;
}
M=bIn1;

}