1. Совет - не лезьте в директории. Как CoDeSys по умолчанию ставит - так и оставьте. А проект Вы можете хранить где хотите.
2. Файл-Сохранить как... и сам файл проекта сохраняйте в любом удобном Вам месте. Для этого не надо никаких директорий в CoDeSys менять.
3. Опять же совет - не нада Вам Eni сервер - это для разработки одного проекта группой разработчиков. Притом инструмент платный.