Да, это беда с тем, что сказали выше. Как вариант, ставить входные и выходные фильтры, попробовать другой коммутатор, или вообще для ПЧ использовать управление от аналогового входа. Что поможет вам, не ясно.

PS Ну и от дискретных входов... По аналогу задание частоты...