смогу ли я запустить проект сделанный в какой нибудь последней версии Codesys?
Зависит от конкретной версии CODESYS и особенностей конкретного проекта.
Если нет цели создать себе дополнительных проблем - то используйте для программирования старых СПК версию V3.5 SP 5 Patch 5.