Разобрался. Проблема в самом ПР103. Похоже на заводской брак. Мало того, подключил модуль ПРМ24.1 и он постоянно показывал аварию, чуть придавил разъём шлейфа на ПР и ошибка пропала, чуть шевельнул шлейф и снова авария.
Взял другую ПР103, загрузил проект и всё заработало, и аварии на модуле нет и переменные сохраняются.