К сожалению, НИ В КАКОЙ. Копии надо делать руками самостоятельно (после каждого важного изменения). Это одно из важных правил разработки проектов под ПЛК.
ВРОДЕ как CodeSys 3.5 создаёт копии в виде файла проекта с расширением ".backup" вместо ".project". Но:
а) Я не могу за это отвечать, так как сейчас не помню: включена ли эта настройка по умолчанию, или я включил её сам
б) Копия обновляется в момент каждого сохранения проекта. То есть, если мы случайно удалили из проекта что-то важное и сохранили его - то даже ".backup" нам не поможет. Поэтому (ещё раз повторяю) при каждом важном изменении надо делать копии вручную.