У меня в вашем проекте горячие клавиши корректно работают и в web-визуализации, и в таргет-визуализации (подключил клавиатуру напрямую к СПК).
Проверял в V3.5 SP17 Patch 3, но каких-то изменений, касающихся используемых вами горячих клавиш, в этой версии не было - так что и в V3.5 SP16 Patch 3 должно работать.
После подключения клавиатуры к СПК требуется перезагрузить контроллер по питанию.