Добрый день.

Или она не обязательна?
Если у вас в проекте нет визуализации - то папка не будет создаваться. Это нормально.

Пробовал упаковать только эти два файла и загрузить в ПЛК, при нажатии кнопки запустить приложение запуска не происходит, при перезагрузке (выкл-вкл питания) запуска приложения не происходит, что я делаю не так?
Пришлите ваш проект и .zip-архив с загрузочным приложением.

Побочный вопрос, как запустить работавшее приложение на ПЛК, оно было остановлено при помощи переведения переключателя старт-стоп в положение стоп и перезагрузки контроллера по питанию, но вот запустить обратно его никак не получается, перевел в положение старт - не стартует, перезагрузил по питанию - не стартует, почему?
Уточните - это вопрос по ПЛК с удаленного объекта или тому, который у вас на столе?