В общем была ещё такая ситуация, залип RS-триггер, перекидываешь выход переменной без связки с логикой - начинает тупить счетчик CTN, в общем беда похоже действительно с компиляцией. У меня были написаны блоки на ST, решил я их всё переписать через макросы, вдруг косяк в них, и о чудо! Больше вроде бы не глючит и проект работает и могу его расширять нормально, опять добавил экран всё работает по логике, не уверен конечно, но беда похоже была в компиляторе при совместной работе в проекте с блоками на ST, ибо функционал блоков какой был - такой и остался, по сути просто перенёс свой код на схему, вот и всё. Это конечно мои предположения, если проект работать как-то ещё не будет, опять тупить или подобные чудеса, отпишусь. А так вроде бы проблема ушла. Счётчики стали наконец-то считать как надо!