Добрый день!
Счетчики сбрасываются при загрузке проекта. Во вкладке конфигурация (LeftSide) в параметре "Сброс счетчиков входов и энкодеров" должно быть установлено TRUE.
Для сброса счетчиков в цикле программы нужно создать отдельную задачу с наивысшим приоритетом (например, 0) и меньшим циклом (например, 5 мс) и в теле программы обрабатывать импульсы с помощью локальных переменных.