1. На опрос входов/выходов выделяется время вне цикла пользовательской программы.
2. Даже если не выделяется, чтение десятка регистров - не должно существенно влиять на цикл, в котором может быть до 10 тысяч команд чтения/записи регистров.
3. В дополнение к 2: преобразование АЦП/ЦАП осуществляется вне процессорного времени, самим АЦП/ЦАП. Ну или это совсем дешманское поделие.
ЗЫ. Даже если АЦП преобразует раз в 1с, его регистры опрашиваются с каждым циклом. Просто основное время будут одни и те же значения, а раз в секунду - новые.