Когда вы работаете через конфигуратор, подключение вроде как идет по протоколу Овен, возможно у вас не сохраняются настройки протокола Modbus ? по этому сторонний софт и не хочет работать ?

Если же у вас по Modbus одним софтом работает, а в другом нет, то замечание абсолютно верное.