Может есть возможность как-то взаимодействовать с командами из программы?
Нет, CmpSysExec не поддерживает интерактивный режим.
На вашем месте я бы сконцентрировал усилия на общении с теми, кто обслуживает сервера - поднять ftp, в общем-то, не самая сложная задача.