Если бы у Вас "программа перезапускалась", все бы там успевало инициализироваться (реле срабатывает намного быстрее чем стартует ПЛК). Но мне кажется никакого перезапуска не происходит и ПЛК "ловит" размыкание не успев окончательно "сдохнуть",что необходим рестарт. Попробуйте за входом поставить TOF на эти секунды,если ,конечно, это не нарушит требования безопасности.