Сложно всё у вас как-то...
Я при создании нового проекта, конфигурацию задач не трогаю. Т.е. по умолчанию PLC_PRG в "свободном плавании". Работу Modbus выношу в отдельные POU (с добавлением соответствующих FB) и вставляю их вызов в тело PLC_PRG, если нужно, то по условиям. Все нормально работает.