1) Особо не вглядывался, но из библиотек только стандартная используется, остальные висят мертвым грузом. Даже блинк и то по своему сделан, не говоря про ПИД
Чем это плохо?

2) Запуск проекта через 200мс,
Где вы это посмотрели?Можно подробнее?

Мин/максы ввода так понял - в панели ?
Да, на панели. И это значение ограничено значением в 6кгс/см2.

Если да, то гляньте - что у соседей (в мастере) того параметра лежит (диапазон и т.п.) ?
Каких "соседей"?

вероятно косяки в обработке ответов мастером. Овен-мастером.
То есть проблема может быть в самом ПЛК?

И да, пароль при выкладывании не нужен. Создает неудобства.
Этот код, то что нам отдала подрядная организация, которая занималась разработкой, наладкой и т.д. Они установили пароль, просто я не думал,что он может помешать просматривать код. Гарантия закончилась (1 год) и начались чудеса. Еще до это возникали небольшие проблемы, которые они не охотно устраняли потому, что "что-то не так с договорами", "что-то не оплатили" и т.п., а когда закончилась гарантия и подавно, и до этого все проблемы решались своими силами. До этого момента... Собственно, поэтому мне и приходиться этим заниматься.

Рефакторинг не мешал бы. Не любите уступы/структуры - что-то принципиальное ?
Сам знаком немного только с Python 3, поэтому уступы люблю, но до не видел и не щупал нормальные и масштабные проекты в CoDeSys. Так только немного игрался с ПЛК 160 и то только в качестве знакомства. Да, безусловно рефакторинг нужен, и надо будет этим заняться в перспективе. Но нужен хороший пример.