В режиме эмуляции редактор сам запускает среду исполнения с ограничением в 1 час опроса устройств на той же машине, где установлен он сам. На Linux нужно сначала установить и запустить среду исполнения, а затем уже загружать проект. Если рантайм уже запущен, то в свойствах узла (АРМ, например) укажите ip-адрес машины с Linux и нажмите Подключить с загрузкой конфигурации.