Примерно понял, что к чему.

Значение в 50009 задается в диапазоне от 0 до 16384 в процентах, где 0 - это 0%, 16384 - 100%. Т.е. если верхний лимит по частоте 50Гц, то чтобы установить, например, 50Гц нужно послать 16384. В руководстве это или не описано, или я плохо смотрю.

К тому же это заработало только после того, как прописал в параметры 3-16, 3-17 и 3-18 значение 0. До этого стояло 11, поэтому после записи в регистр задания частоты одного значения при его считывании получал записанное значение умноженное на 3 плюс значение масштабирования.