Папок не будет. Слишком уж гемороен механизм папок в CoDeSys.

По поводу флешек - были у нас флешки, которые на 3-й день переставали работать, а перезагрузка помогала не на долго, были и надёжные.
И программными средствами не все вылечивается. Просто флешка перестаёт отвечать на запросы хоста. И хоть кол ей теши.
Рекомендации - не использовать флешку как постоянный накопитель. Для длительного хранения есть внутренний диск, он ГОРАЗДО надёжнее.
Мне возразят - диск маленький и туда гигабайты архивов всего на свете не помещаются - да, и задачей ПЛК не является хранение файлов, для это есть такие штуки как файл-серверы. И размеры были ограничены именно потому, что большие размеры мешали бы ПЛК выполнять ОСНОВНУЮ задачу - управлять техпроцессом, а не архивировать график прироста кур за последний год, вести лог всех действий всех исполнительных устройств и действий оператора и много другое.

Если у Вас такая "зависающая" флешка - ей поможет только перетыкание или пересброс питания. В принципе, в ПЛК есть механизм отключения питания хоста. Сейчас он работает автоматически при перегрузке по питанию. Можно его сделать управляемым из программы. Если есть герои на бета-тест - можем протестировать функционал на таких "зависающих" флешках.