Можно и 64 бита. Разница только в том, сколько памяти сможет использовать процесс CODESYS.
Это имеет значение для крупных проектов с сотнями экранов визуализации, тысячами ФБ и т.д.
На быстродействии среды это не скажется. Кроме того, в 64-битной версии нет части компонентов - OPC, конвертера проектов из 2.3.