1. Время фильтрации точно устанавливали в минимально возможное "-1" ?
2. Можно попробовать отключить все дискретные входы от ПЛК кроме неисправного 2-ого входа и повторить включение/выключение по данному входу.
3. Если программист не будет против, то можно выложить программу здесь или отправить на группу поддержки support@owen.ru.