Нужно открывать проект в той версии CODESYS, в которой он был создан (или старше), это уберет ошибку "проект поврежден или сохранен в более новой версии".

С ошибкой "описание для устройства эмуляции не установлено. Проверьте установку" не сталкивался, но предполагаю, что она тоже уйдет.