Не там ищите, по модбасу передаются слова, отсюда и использование 16 бит, а не от старых версий ПР
А как ФБ счётчика завязан на модбас?
И что? Сетевые переменные в ОЛ все ограничены 16 бит? 2 регистра модбас не может за раз отправить/принять в случае надобности?
Вопросы риторические, но с намёком на "недостаточно высокий" уровень среды.