Да, я уже разобрался с установкой. При включении отладки видно, что что-то происходит при установке. Он похоже проверяет наличие каждого файла, который собирается установить.
Пока пробовал ставить с dotnet4 через winetricks и с использованием mono вместо dotnet4. Однако в обоих случаях не заработало. Хотя ошибки при запуске CODESYS вылетают разные.