Фух. Отпишусь на какие грабли наступал, вдруг кому понадобится.
Как заметил AndreyS, у меня владелец был root, что неверно. Как так вышло, не помню, но когда всё сделал по новому, то стал владельцем сам.
В параметрах подключения в codesys надо выставить Gateway Local.
На компе, у которого есть физический ком порт всё заработало.
На ноуте, где порта нет, пришлось удалить /dev/ttyS0 и сделать ссылку с /dev/ttyUSB0 на /dev/ttyS0 (при этом символьная ссылка в dosdevices именно с ttyUSB0)
Где тут логика, я не понимаю вообще, но работает.