Странно, что такому эксперту как Вы, судя по тону, нужна поддержка...
Судя по всему в контроллере произошел сбой памяти, и у Вас на контроллере оставался проект. В итоге контроллер находил его и сбрасывал попытку соединения. Хотя тоже эксклюзивное достаточно поведение...
В любом случае при перепрошивке контроллера (с установкой галки форматировать flash) память полностью очищается и все проекты В ЛЮБОМ СЛУЧАЕ СТИРАЮТСЯ.
Если после перепрошивки у Вас проект в контроллере остался - значит Вы как то несколько странно перепрошились.

Попробуйте эксперимента ради написать проект не ; Почему это говорю: CoDeSys при попытке связаться с контроллером проверяет не совпадают ли программы в контроллере и в CoDeSys.