Да не, с версиями всё норм. Это глюк runtime'а как по мне. Вот видео демонстрация проблемы. CoDeSys 3.5.10.0 (10, 20). Остальное свежее с сайта RaspberryPi. runtime в устройство загружает сам CoDeSys (уж какой загрузит, ему виднее).