Отчитываюсь. В итоге использовал библиотеку pid_reg2. Там есть отдельно функция автонастройки (W1_ANR) и ПИД регулятор (DSP_A_PID). Все коэффициенты от W1_ANR записываю в файл после окончания автонастройки. При запуске системы - считывание файла и подстановка коэффициентов в регулятор.