Добрый день!
Похоже, у вас аппаратные проблемы.
Пожалуйста, подключите контроллер через отл. порт к компьютеру, запустите гипертерминал (115200, нет четности, 8бит), и сохраните лог, выдвавеый контроллером при перезагрузках (пустой контроллер, после заливки программы и т.п.)
P.S. Если вы сделали BootProject и выключили питание - контроллер не выключается, а еще ждет 10 мин. на резервном питании и соот. до истечения этого времени загружать проект не будет (он же работает). Лучше нажмите кнопку резет, а не тратьте время на ожидание.