Такого быть не должно. Заряда батареи должно хватать на 10 минут работы на рез. питании + мин. полгода работы часов.

Как я понял, он (контроллер) работает весь день и следовательно, аккумулятор должен полностью зарядится.
Проверьте:
а) не сбрасывается ли программно время в программе ПЛК?
б) после выкл. питания через 2 сек. нажмите reset - контроллер сразу выключится.
в) если после б) вкл. питание - время собьется?