Штатно так делать нельзя.
Можно использовать стороннее ПО для ограничения доступа к системным ресурсам:
http://www.crystaloffice.com/winlock/
Но подменить архив в MasterSCADA не получится - он просто разрушится. Там не редактируемые файлы. Если только менять весь целиком архив