Стоит Load bootproject automatically. Похоже на нестабильную работу флешки. Записываю проект и тут же качаю с неё файлы DEFAULT.PRG и DEFAULT.CHK. Когда проект не запустился, качаю снова эти же файлы. Сравниваю. Как минимум DEFAULT.CHK другой. Размер тот же, содержимое - нет.