По идее так.
Создаем Boot Project, а в Target Settings ставим галочку Load bootproject automatically. Ньюанс: если выключили питание при остановленном контроллере, не дождались окончания работы на аварийном питании от встроенного аккумулятора, то при включении питания выполнение программы не запустится автоматически.