ну там разворачиваемая система, всё лежит в одном файле, при загрузке разархивируется скриптом, вот скрипт не найдя нужного файла добавляет в папку ярлык. Это мне так думается. Выход из положения может быть скопировать папку root на флешку, подключить диск к контроллеру и зайдя через putty скопировать все файлы на свои места, предварительно смонтировав корень в режим RW