Проблема с сохранение проекта.
Нажимаешь "Сохранить" в процессе работы - изменения с момента открытия проекта не сохраняются.
Нажимаешь "Сохранить как..." и если выбираешь тот же самый файл (из которго открылся), потом щелкаешь вылетающее сообщение "Заменить?" то все равно не сохраняется.
Сохранять нужно всегда как новый проект под новым именем.